Właścicielem Prywatnego Gimnazjum nr 3 i Prywatnej Szkoły Podstawowej nr 1 jest Fundacja Szkolna DONA z siedzibą przy ul. Stromej 5 w Krakowie. Fundacja Szkolna DONA jest organizacją typu non-profit - od momentu jej powstania wszystkie zdobyte środki finansowe są przeznaczane na rozwój szkół. Fundacja oparta jest na społecznej pracy członków Rady Fundacji i Zarządu Fundacji. W skład Zarządu wchodzą: dyrektor Barbara Gadacz oraz zastępcy: Bogusława Hamiga i Anna Kordecka-Magiera. Rada Fundacji spotyka się w składzie: Grzegorz Bańdur, Krzysztof Kozak, Andrzej Łachwa, Małgorzata Słoń, Aniko Tóvari.