Właścicielem Prywatnego Gimnazjum nr 3 i Prywatnej Szkoły Podstawowej nr 1 jest Fundacja Szkolna DONA z siedzibą przy ul. Stromej 5 w Krakowie. Fundacja Szkolna DONA jest organizacją typu non-profit – od momentu jej powstania wszystkie zdobyte środki finansowe są przeznaczane na rozwój szkół. Fundacja oparta jest na społecznej pracy członków Rady Fundacji i Zarządu Fundacji. W skład Zarządu wchodzą: dyrektor Barbara Gadacz oraz zastępcy: Bogusława Hamiga i Anna Kordecka-Magiera. Rada Fundacji spotyka się w składzie: Grzegorz Bańdur, Danuta Bator, Joanna Kornecka, Krzysztof Kozak, Andrzej Łachwa, Grażyna Słoń, Aniko Tóvari, Dorota Bernaś.
27 grudnia 2004 r. Fundacja Szkolna DONA została wpisana na listę podmiotów Organizacji Pożytku Publicznego (KRS 0000083960). W związku z powyższym Fundacja zwraca się do wszystkich, którym bliskie jest wychowywanie i edukowanie młodzieży, z prośbą o wskazanie Fundacji w zeznaniu podatkowym jako uprawnionej do otrzymania 1% należnego podatku.